Høgskolen i Østfold er partner i 3 nasjonale forskerskoler som til sammen dekker bredden av ph.d.-utdanningen, og deltagerne i doktorgradsprogrammet kan søke om opptak i en av de. Disse er:
- NORA Research School
- Kontaktperson HiØ: Professor Stefano Nichele
- PROFRES
- Kontaktperson HiØ: Professor Geir Afdal
- WGNERII
- Kontaktperson HiØ: Professor Ingeborg Hognestad Krange